Auch wenn ein militärisches Vorgehen deutlich häufiger ist, kann auch ein Exterminatus erfolgen.Manche Inquisitoren des Ordo Xenos leiten Expeditionen in die Gebiete jenseits des Imperiums. Falls auf einer Welt minder gefährliche Xenos-Kreaturen leben, werden Warnbojen im Orbit platziert. Besteht eine Gefahr, falls eine einheimische Lebensform jemals zurück in das Imperium eingeschleppt werden sollte, wird der Planet zu perditus erklärt: Betreten unter Todesstrafe verboten. In den extremsten Fällen, bei sehr gefährlichen Xenos-Lebensformen, befiehlt der Inquisitor die Vernichtung: Er befiehlt möglicherweise einen Exterminatus. Falls der Planet selbst jedoch noch von Wert ist, werden Imperiale Armee oder Space Marines für einen Feldzug gegen die Xenos mobilisiert.